Desa Tombolikat mulanya adalah pedukuan orang-orang yang berasal orang Biga dan Pontodon dari suku Mongondow yang eksodus karena perang Pontodon yang terjadi sekitar tahun 1889 dan didukung oleh keinginan untuk mencari lahan didaerah pesisir,mereka yang berasal dari Desa Biga mengambil dataran bagian selatan sedangkan yang berasal dari Desa Pontodon mengambil daratan bagian utara yang sekarang menjadi Desa Kayumoyondi, kemudian setelah mendapati tempat dataran yang cukup luas dipinggiran pantai mereka kemudian membuat tempat tinggal dan menetap ditempat ini. Setelah waktu terus berlalu berangsur-angsur sanak keluarga bertambah akhirnya mereka sepakat membentuk satu pedukuhan yang kemudian menjadi cikal bakal Desa Tombolikat.

Sebagai satu rumpun keluarga yang cukup banyak pengikutnya maka mereka sepakat mengangkat Bapak Solang Abram sebagai kepala pedukuan karena beliau termasuk orang yang sangat disegani dan dihargai dikalangan masyarakat waktu itu. Namun karena dibawa tekanan penjajahan belanda beliau hanya memerintah selama kurang lebih Dua Belas Tahun (1902 – 1913). hal ini terus terjadi kepada pemimpin desa ini beberapa periode berikutnya.

Desa Tombolikat pernah melakukan pemindahan Kedudukan Desa. Mulanya kedudukan Desa Tombolikat berada kurang lebih tiga ratus meter dibelakang kedudukan kampung saat ini. Karena telah terjadi wabah yang menimpa masyarakat dimana cukup banyak masyarakat yang meninggal dalam waktu yang cukup singkat sehingga atas kesepakatan para pemuka masyarakat yang ada pada waktu itu akhirnya kedudukan kampung dipindahkan dibagian timur (Pomukaan). Peristiwa ini terjadi sekitar tahun 1906-1908. Tempat itu yang diduduki masyarakat hingga sekarang.
Karena Tuntutan makin bertambahnya jumlah penduduk serta pemukiman semakin luas maka mulai terdengar gaung pemekaran desa. Dengan dukungan serta bantuan masyarakat dan pemerintah desa Tombolikat maka di usulkan pemekaran desa yang kemudian disetujui oleh pemerintah Kabupaten Bolaang Mongondow dengan diterbitkannya SK Desa Persiapan dengan Nama Desa Tombolikat Selatan Pada tahun 2007. Dan menjadi Desa Devinitif Pada pertengahan tahun 2010. Dengan Pejabat Sangadi Saudara Zulkifli Mokodompit.